El conjunto es de planta rectangular. Dentro de él alberga la Capilla de la Hermandad de los Desamparados, así como la antigua sala de enfermos, claustro y otra dependencia, hoy convertidas en Escuela. En la antigua Sala de Enfermos estuvieron hospitalizados los heridos de la Batalla de Trafalgar. El material empleado para su construcción fue piedra, cal y canto.

La Capilla de Ntra. Señora de los Desamparados se reabrió al culto el 1 de Diciembre de 1.985, fecha que se bendijo la primitiva Imagen de la Santísima Virgen de los Desamparados. Como Padrino actuó el Jefe Local de Sanidad y como Madrinas, las Hermanas que regentan el Asilo de Ancianas de San José y las propias ancianas.

La Capilla posee planta de salón dividida en tres naves, siendo la central de mayor tamaño que las laterales. Estas se dividen en cuatro tramos. El primero, de menor altura que los demás, se comunica a las naves mediante arco de medio punto. Se cubre como el resto de los tramos con bóveda de crucería excepto uno de ellos que ha sido techado con posterioridad.

Los soportes, pilares cuadrangulares con sus esquinas rebajadas, culminan en capitel moldurado sobre los que descansan los arcos que compartimentan las naves. Al muro se apoya estos arcos que compartimentan las naves. Al muro se apoyan estos arcos sobre una cornisa que rodea a toda la iglesia. Cornisa que refleja la unión con estos mediante pinjantes.

En el altar mayor de la Capilla, figura la sagrada imagen de nuestra Titular, María Santísima de los Desamparados. Nuestro Titular el Santísimo Cristo de la Sangre, se sitúa en la nave de la derecha. En la nave de la izquierda esta el altar con la imagen de Ntra. Sra. de las Mercedes.

La fachada principal esta formada por once tramos dispuestos simétricamente a ambos lados del arco de ingreso. Estos vienen remarcados por pilastras. En el pretil de la azotea van los barrocos merlones tan típicos en la ciudad. La azotea se remata con una espadaña que alberga dos campanas preparadas para voltear.

En el mes de junio de 2008 se instaló un moderno sistema de megafonía en la capilla. Además, durante la época estival, algunos miembros de la junta y hermanos colaboradores trabajaron en la reorganización y remozado de la sacristía, consistente en la ampliacion del segundo piso de la misma, instalación de una barandilla, pintado de los paramentos, nuevas estanterías e iluminación. También se restauró la antigua lámpara de “araña” de esta dependencia, completando las piezas de cristal que le faltaban, y que por su mayor valor artístico, cuelga ahora en la capilla.

Por otro lado, se finalizó el proyecto de restaruación de la espadaña-campanario, enluciendo la misma en tonos blanco y almagra, haciendo juego con la fachada. Así mismo, se arreglaron las campanas, dotándolas de un nuevo sistema que permite el toque simultáneo de ambas, asi como de nuevas melenas o yugos de madera.